Estimados(as):
Queremos comentar algunas situaciones que se están dando en el área salud, donde hemos visto algunas diferencias por error en la aplicación de la norma de exención del IVA para los servicios de salud, especialmente considerando que hoy los afiliados a Isapres no adquieren bonos sino que pagan como particulares y optan por el proceso de reembolso, donde claramente la Isapre no está actuando como financiadora de la prestación, sino como indemnizadora de un gasto presentado directamente por el afiliado, dejando fuera la relación prestador de servicio de salud con la Isapre, donde no procede aplicar exención de IVA, para prestaciones como los laboratorios.
¿Cuáles son las normas específicas de exención de IVA para prestaciones de salud?
Las actuales exenciones de IVA asociadas al sector salud, se encuentran en los N°19 y N°20 de la letra E) del art. 12 de la Ley del IVA, que indican lo siguiente (lo remarcado es nuestro):
“Artículo 12°- Estarán exentos del impuesto establecido en este Título:
A.- Las …
…
E.- Las siguientes remuneraciones y servicios:
1.- Los …
…
19) Las prestaciones de salud establecidas por ley, financiadas por el Fondo Nacional de Salud (FONASA) y aquellas financiadas por Instituciones de Salud Previsional (ISAPRES), pero hasta el monto del arancel FONASA en que se encuentre inscrito el prestador respectivo. Asimismo, la exención será aplicable a las cotizaciones obligatorias para salud, calculadas sobre la remuneración o renta imponible para efectos previsionales, conforme a lo establecido en el artículo 16 del Decreto Ley 3.500 de 1980.
20) Los servicios, prestaciones y procedimientos de salud ambulatorios, que se proporcionen sin alojamiento, alimentación o tratamientos médicos para recuperar la salud propios de prestadores institucionales de salud, tales como hospitales, clínicas o maternidades.
Esta exención incluye el suministro de los insumos y medicamentos, efectuados en la ejecución del servicio ambulatorio, siempre que sean utilizados y consumidos en dicho procedimiento e incluidos en el precio cobrado por la prestación.
Los servicios de laboratorio no se incluyen en esta exención.”
Dado lo anterior, actualmente estarán exentos los servicios entregados a afiliados de Fonasa o Isapres, hasta el valor del nivel en el que se encuentre inscrito el prestador en Fonasa, cuando dichos organismos financien la prestación, es decir, ellos participen en el pago directo del servicio, lo que no es posible aplicar cuando el cliente se atiende como particular o el prestador no tiene el contrato para entregar servicios a los afiliados de Isapre, actuando como particular (sin cobertura de Fonasa o Isapre), por lo que la exención establecida en el N°19, antes mencionada, no se aplica para las prestaciones a particulares o empresas o instituciones, ya que ellas NO son prestaciones financiadas previsionalmente por las entidades indicadas en la norma.
Por otra parte, cuando se utiliza la exención del N°20, que está vigente desde el 01.01.2023, ella no se aplica a los servicios de laboratorio, por disposición expresa, ya que, aun siendo una prestación ambulatoria de salud, no está incluida dentro de la medida de exención del mencionado numeral de la letra E) del artículo 12 de la Ley del IVA.
¿Cuál es el ámbito restrictivo de aplicación de la exención del N°19 relacionada con la venta de bonos de atención?
Nos hemos encontrado con la situación de prestadores que interpretaron erróneamente que basta con realizar el cobro al precio del arancel Fonasa, donde está inscrito el prestador, se aplica la exención del IVA, sin importar la calidad del beneficiario, cosa que es un error y lo expone a una contingencia directa de no haber cobrado el IVA, por todos los cobros documentados a los pacientes, sean personas naturales o jurídicas que adquirieron y pagaron sus prestaciones, teniendo como respaldo una boleta o una factura exenta emitida erróneamente por el prestador (vimos el caso de algunos laboratorios).
El SII ha indicado reiteradamente la forma de aplicar la mencionada exención, siendo el último ejemplo lo señalado en el oficio N°667, de 03.04.2025, que señala (lo remarcado es nuestro):
“Por otra parte, si la prestación es financiada por FONASA o por alguna ISAPRE, mediante un bono emitido por ellas, se encontrará exenta del impuesto hasta el monto del arancel vigente de FONASA para dicha prestación, según sea el grupo o nivel en que se encuentre inscrito en FONASA el prestador de la atención, conforme al N°19 de la letra E del artículo 12 de la LIVS(3).”
Nota 3: Circular N°26 de 2021. Oficio N°3234 de 2021.
Solo para efectos de conocimiento, cuando una persona se atiende sin operar por el sistema de emisión de bono, que es una orden de atención, lo está realizando a nivel “particular”, es decir, no está buscando que la atención sea financiada por la institución previsional, en cuyo caso no se aplica la exención comentada, para el caso de las prestaciones de servicios asociadas a los laboratorios (en el sector salud antes se asociaba a laboratorios clínicos, pero hoy están todos, sean o no clínicos).
¿Cuál es la restricción para aplicar la exención a las prestaciones ambulatorias de salud?
Lo principal es que tenga la calidad de “prestaciones ambulatorias de salud”, sin importar quién es el prestador, ya que puede ser cualquier tipo de empresa (empresario individual, EIRL, Ltda., SpA, etc.), como tampoco si la prestación es o no realizada a las instituciones previsionales de salud (Fonasa o Isapre) o sus afiliados, ya que no hay restricción de monto para aplicar la liberación del pago del IVA.
Lo esencial, es que el SII definió el concepto de “prestaciones ambulatorias de salud”, que lo ha reiterado en varios oficios, para lo cual utilizaremos el mismo oficio N°667, de 03.04.2025, que al respecto indica (lo remarcado es nuestro):
“Sobre la materia, este Servicio ha señalado que todas las prestaciones que se encuentran señaladas en la nómina de aranceles modalidad de atención institucional (MAI), o modalidad libre elección (MLE) que se publican en el sitio web del Fondo Nacional de Salud y aquellas que sean asimilables a las mismas o se desarrollen en el contexto de dichos procedimientos, constituyen “prestaciones de salud”, independientemente del monto de su remuneración y si son desarrolladas o no por un prestador institucional de salud, pero siempre que sean prestados por profesionales capacitados para ello de acuerdo con lo establecido en el Libro V del Código Sanitario(2).
Nota 2: Circular N°50 de 2022”
¿Cuál es la forma de documentar los cobros cuando se realiza la atención con la emisión de bonos de Fonasa o Isapre?
Sin embargo, en el caso de Isapre y Fonasa, cuando la prestación es pagada por el sistema de Bonos de Atención, se debe entender que el que contrata y paga el servicio, es la institución previsional de salud y no el afiliado. Por ello, el SII ha dicho reiteradamente que la forma de documentar el copago no es con un documento tributario, sino con un recibo, dado que la documentación tributaria se debe emitir a la entidad previsional, es decir, a Fonasa o Isapre, según corresponda.
Al respecto, podemos indicar lo que mencionó el SII en el oficio N°3.464, de 28.11.2022, que los párrafos atingentes indica (lo remarcado es nuestro):
“Al respecto cabe aclarar, en primer lugar, que las prestaciones de salud, ya sean financiadas con bonos FONASA o con bonos de una ISAPRE, se efectúan siempre en virtud de un convenio entre el prestador, en este caso el centro médico y la institución de salud (FONASA o ISAPRE), razón por la cual son estas instituciones quienes pagan al centro médico el servicio de salud prestado al afiliado. Esto no cambia por el hecho que el paciente pueda acceder a la compra del bono en el mismo establecimiento donde se efectuará la prestación.
Dicho esto, el monto consignado en el bono como copago, corresponde al valor que el afiliado debe pagar a la ISAPRE o a FONASA, según corresponda, para acceder a la prestación de salud, en virtud del convenio suscrito entre éstas y el centro médico siendo este último un mero recaudador de dichas sumas. Aclarado lo anterior, en el caso particular de FONASA, este Servicio autorizó a dicha institución (1) para utilizar un sistema de venta de bonos de atención de salud en virtud del cual los referidos bonos pueden ser emitidos por los prestadores de salud, inscritos en el rol de la modalidad libre elección, en el mismo lugar donde se recibe la atención de salud. Con este sistema el prestador recauda directamente del beneficiario el valor del copago, liberándose de emitir boleta por esas sumas.”
Nota 1: Resolución Ex. N°6 de 2001.
En el oficio N°2.564, de 24.08.2022, el SII respondió lo siguiente:
“Dicho esto, el monto consignado en el bono como copago, corresponde al valor que el afiliado debe pagar a la ISAPRE o a FONASA, según corresponda, para acceder a la prestación de salud, en virtud del convenio suscrito entre éstas y el centro médico, siendo este último un mero recaudador de dichas sumas.
En atención a ello, no procede que el centro médico emita documento tributario por dicho copago al afiliado, ya que no remunera la prestación del servicio de salud efectuada por éste.”
Entonces, queda claro que el copago es un valor, de la misma línea que las deducciones (deducibles) en los siniestros de las compañías de seguro, son montos que el asegurado (afiliado en el caso de las instituciones de salud), debe asumir en forma directa, pero como valor entregado a la entidad aseguradora, para que ésta pague la contratación directamente al tercero, que en el caso planteado puede ser un prestador persona natural, que deberá emitir la correspondiente Boletas de Honorarios Electrónica (BHE) o una empresa, que deberá emitir la correspondiente factura, por el total de la prestación, es decir, el monto bonificado y el copago.
En una respuesta formal que recibimos el 25.03.2025 de parte de Fonasa (lo remarcado es nuestro), se nos indicó:
“Junto con saludar, informamos que los prestadores reciben bonos de parte de sus pacientes como pago de sus atenciones, los cuales deben ingresar en Fonasa para cobro a través de las plataformas de cobro disponibles y además facturar.
Las facturas deben ser enviadas al correo intercambio@fonasa.cl en su formato XML, debido a que las facturas son recibidas en Fonasa por un gestor documental.
Debe emitir una factura por cobranza. Luego enviarla al correo electrónico indicado. No se aceptan más de una factura por correo.
Respaldo Copago: Para Respaldar el Copago de bonos emitidos por el portal Prestador MLE o Venta Electrónica, el prestador como contribuyente, debe emitir una factura Electrónica o Boleta de Servicios a los menos una vez al mes.
Dicho documento debe incluir la palabra “Copago” en la descripción y deberá ser extendida a:
Nombre Fondo Nacional de Salud.
Rut 61603000-0
Dirección: Monjitas 655, Santiago.
Giro: Gobierno Central cod. 751110
El plazo legal para pago a prestadores es de hasta 30 días. Lo anterior, debido al Art N°55 del Decreto N°369 y de ley de factura a 30 días Ley N°21.131 sin embargo el plazo habitual de Fonasa es dentro de 5 a 10 días hábiles.”
Conclusión:
No procede la emisión de boleta o factura al cliente que utiliza la opción de pago vía bonos de Fonasa, sino un comprobante de recaudación. El documento tributario se emitirá al cobrar el bono, a nombre de Fonasa, lo que también ocurrirá con la documentación de los copagos, que tampoco son valores que se deben documentar directamente al paciente, sino a la entidad previsional, siendo dos documentos diferentes.
¿Qué ocurre si en una misma prestación hay pagos exentos y afectos de la remuneración?
Esta situación se puede dar cuando una prestación tiene un valor superior al nivel de Fonasa en el cual está inscrito del prestador. Por ello, los valores a las instituciones pueden estar exentas, pero si hay alguna diferencia a cobrar, se deberá incluir en el mismo documento, para el cobro de tal diferencia que no tendrá exención, si se trata de prestaciones que no son definidas como ambulatorias de salud, es decir, se está aplicando la exención del N°19 antes referido. No se pueden emitir dos documentos, considerando que es la misma prestación.
El SII así lo indicó en el oficio 434, de 27.02.2025:
“Dado lo expuesto, en caso de ser aplicable a los servicios consultados la exención del N°19 de la letra E citada, y el monto cobrado por la institución de salud exceda el arancel de FONASA, dicho exceso estará afecto a IVA y deberá reflejarse claramente en el documento tributario correspondiente, el cual podrá detallar tanto las operaciones afectas como exentas de dicho impuesto, no correspondiendo emitir dos documentos por la misma operación(3).
Nota 3: Con todo, supuesto que se utilice para la emisión de documentos tributarios el software gratuito que dispone para tales efectos este Servicio, dadas las características particulares del mismo, en el caso consultado deberán emitirse dos documentos tributarios distintos.”
¿La exención de las sociedades de profesionales también aplica al sector salud?
Efectivamente, lo indicado en el N°8 de la letra E) del artículo 12 de la Ley del IVA, aplica para las prestaciones que realicen los profesionales que emitan boletas de honorarios y también las sociedades de profesionales, sea que tributen en primera o segunda categoría, cuando presten servicios del área salud. Estos servicios pueden ser prestados directamente a los pacientes, a las entidades previsionales o a otros prestadores de servicios de salud, como centros médicos o clínicas, manteniendo en todo momento la exención.
La norma comentada establece que estarán exentos:
“8) Los ingresos mencionados en los artículos 42° y 48° de la Ley de la Renta. Para estos efectos quedarán comprendidos los ingresos de las sociedades de profesionales referidas en el artículo 42, N°2, de la Ley sobre Impuesto a la Renta, aun cuando hayan optado por declarar sus rentas de acuerdo con las normas de la primera categoría;”
Cualquier duda o situación especial nos pueden contactar, para prestar la asesoría correspondiente, evitando así tener contingencia o mala aplicación de la norma actual que rige al sector salud, en materia de aplicación del IVA, como también en la emisión de los documentos tributarios que procedan.
Saludos,
Hola Omar:
Agradezco su tiempo… Por favor ayúdeme con esta inquietud. De acuerdo a las exenciones indicadas en la ley, Si un laboratorio clínico presta servicios de exámenes a las municipalidades, las facturas emitidas deben ser con IVA entonces cierto…?
No he logrado encontrar donde se refiera a este punto. Lo de FONASA e ISAPRES me queda super claro.
Claudio:
El servicio de laboratorio no está considerado como una «prestación ambulatoria de salud», definida en la exención del N° 20 de la letra E) del artículo 12 de la Ley del IVA y por lo tanto se grava, a menos que se preste a los afiliados a una Isapre o a Fonasa, hasta el valor del nivel en el que se encuentre inscrito, donde se aplica lo dispuesto en el N° 19 de la misma norma ya señalada.
Dado lo anterior, si la prestación es a una municipalidad, a una empresa o a cualquier institución (centro de padres, un colegio, una entidad religiosa, etc.), el total será gravado con IVA, por no poder aplicar ninguna exención.
Estimados círculo verde buenas tardes, quisiera hacer la siguiente consulta si me pudieran orientar, con respecto a la medicina estética, aplicación de ácido hialuronico Botox, etc, formalizadas como persona jurídica o empresa spa, están afectos a IVA o exentos de IVA, esto se puedo considerar como un servicio ambulatorio? Está como en el limbo este tipo de actividad, o no estoy en lo correcto?
Agradecería su respuesta
Muchas gracias!
Ricardo:
No está en lo correcto, ya que la exención de IVA por las prestaciones ambulatorias de salud es muy acotada: solo está referida a las prestaciones que están en los registros MLE o MAI de Fonasa o pueden ser asimilables. Si no lo están, como sería el caso planteado, al ser realizadas por empresa, ello es un servicios gravado con IVA (no hay otra exención aplicable al caso).
Por ejemplo, el SII indicó en el oficio N° 434, de 27.02.2025, que lo puede buscar en https://www.sii.cl/normativa_legislacion/jurisprudencia_administrativa/ley_impuesto_ventas/2025/ley_impuesto_ventas_jadm2025.htm , lo siguiente:
«Al respecto se informa que la Ley N° 21.420 incorporó un nuevo N° 20 a la letra E del artículo 12 de la Ley sobre Impuesto a las Ventas y Servicios (LIVS), que en lo fundamental libera de IVA a los servicios, prestaciones y procedimientos de salud ambulatorios siempre que se proporcionen sin alojamiento, alimentación o tratamientos médicos para recuperar la salud propios de prestadores institucionales de salud, tales como hospitales, clínicas o maternidades.
Por prestaciones de salud se debe entender las que se encuentran señaladas en las nóminas de aranceles de modalidad de atención institucional (MAI) y la nómina de aranceles modalidad libre elección (MLE) que se publican en el sitio web del Fondo Nacional de Salud. Igualmente, y aquellas que sean asimilables a las mismas o se desarrollen en el contexto de dichos procedimientos. Esta exención no tiene tope en cuanto al valor de la prestación y se aplica a todo tipo de prestaciones ambulatorias.»
Si existiera alguna prestación que cumpla los requisitos antes señalados, esa podrá utilizar la exención (como una consulta médica), pero la mayoría de los servicios que Ud. describe, no tendrían el mencionado beneficio.
Buenas Tardes, junto con saludar, consulto sobre un centro auditivo especializado, este realizara exámenes de laboratorio, estos son afectos a iva?
Gracias
Pryscilla:
En general, hoy todos los servicios prestados son gravados con IVA, pudiendo existir alguna exención que los beneficie, lo que es restrictivo.
En el caso consultado, los servicios de laboratorio son afectos a IVA y no tienen exención (no están incluidos como prestaciones ambulatorias de salud en el N° 20 de la letra E del artículo 12 de la Ley del IVA). Si existe una exención cuando el pago lo realiza una institución previsional (Isapre o Fonasa), siempre que se emitan los bonos de atención, por lo que se requiere estar inscrito como prestador en las mencionadas entidades (N°19 de la misma norma antes indicada) y hasta el valor del nivel Fonasa en el que esté inscrito el prestador.
Si se realiza una atención a un particular, que no usa el sistema de bonos, se debe aplicar el IVA por el total de la remuneración, independiente que posteriormente el cliente reembolse el gasto en su institución previsional. Lo mismo ocurre para la atención a empresas, donde no es posible aplicar ninguna exención por los servicios de laboratorio de salud.
Buenas tardes, la verdad estoy super confundida y aquí va mi pregunta.-
– un laboratorio clínico, todo paciente que se hace exámenes de manera particular, el laboratorio debe emitirle una boleta afecta.-
– todo paciente que se realice exámenes y presente sus bono, a fin de mes, cuando el laboratorio emita sus facturas a las ISAPRES y a Fonasa, debe emitirlo exento.-
es así?????
le agradezco su respuesta.-
Carolina:
Efectivamente es así, pero debe tener muy claro cada una de las operaciones, ya que en el caso de que el cliente tome la opción de atenderse en la modalidad particular, ello significa que no se está realizando la prestación a la entidad previsional, sino a un particular, con lo cual no es procedente aplicar la exención del artículo 12 letra E) N° 19 de la Ley del IVA, que indica que estarán exentas:
«19) Las prestaciones de salud establecidas por ley, financiadas por el Fondo Nacional de Salud (FONASA) y aquellas financiadas por Instituciones de Salud Previsional (ISAPRES), pero hasta el monto del arancel FONASA en que se encuentre inscrito el prestador respectivo. Asimismo, la exención será aplicable a las cotizaciones obligatorias para salud, calculadas sobre la remuneración o renta imponible para efectos previsionales, conforme a lo establecido en el artículo 16 del Decreto Ley 3.500 de 1980.»
Por ello, el financiamiento se produce cuando al contratar la prestación se utilizar el mecanismo del bono, ya que en ese caso, el que paga la prestación directa es la entidad previsional, siendo de cargo del paciente el copago, que no se debe documentar a éste, dado que es recaudado por cuenta de la entidad y no es un pago por la prestación, cosa que realizar Fonasa o la Isapre, cuando se presentan los documentos de cobro, acompañando la correspondiente factura, con la aplicación de la mencionada exención.
En el mercado se confunde el momento en que se aplica la exención, ya que ella NO aplica cuando el paciente utilizar la modalidad de reembolso de un gasto que hace en forma directa, para luego solicitar la «indemnización» a la entidad previsional de salud, cosa que es muy distinta a tener directamente el financiamiento del pago de la prestación en sí.
Buenas tardes, consulta en la venta de prestaciones los laboratorios emiten bonos de fonasa al paciente con boleta exenta no? Y si pagan una prestacion via particular seria pago afecto? Gracias por la informacion
Iván:
Hemos detectado que hay operaciones que se están realizando erróneamente en el mercado y ello seguramente será en algún momento fiscalizado por el SII, donde se está mal aplicando una exención que es bastante restrictiva, que es a las prestaciones de laboratorios que se realicen a pacientes afiliados a Fonasa o Isapres, pero ello opera solamente cuando se emiten bonos, no generándose una boleta al paciente, sino que ello se materializará en la documentación que se emita a las respectivas instituciones cuando se cobren los bonos; por el copago, tampoco se debe emitir boleta de servicios, ya que se está recaudando por cuenta de la institución previsional.
Distinto es el caso cuando el paciente se atiende en forma particular, para posteriormente solicitar el reembolso a su institución previsional de salud (Isapre), ya que en ese caso NO hay exención de IVA y todo el cobro está afecto, debiéndose emitir la respectiva boleta de servicios afecta.
La exención aludida, que beneficia a los servicios de laboratorio, es restrictiva y está en es el numeral 19 de la letra E) del artículo 12 de la Ley del IVA, que dice que estarán exentas (lo remarcado es nuestro):
“19) Las prestaciones de salud establecidas por ley, financiadas por el Fondo Nacional de Salud (FONASA) y aquellas financiadas por Instituciones de Salud Previsional (ISAPRES), pero hasta el monto del arancel FONASA en que se encuentre inscrito el prestador respectivo. Asimismo, la exención será aplicable a las cotizaciones obligatorias para salud, calculadas sobre la remuneración o renta imponible para efectos previsionales, conforme a lo establecido en el artículo 16 del Decreto Ley 3.500 de 1980.”
Claramente, es muy restrictiva y nunca ha incluido las prestaciones realizadas a particulares, sean éstos personas o empresas. Para operar con el financiamiento de las instituciones antes mencionadas (Fonasa o Isapres), se debe operar a través del sistema de bonos, ya que es la única forma de validar que son las instituciones beneficiadas las que están financiando las operaciones y por ello aplica la mencionada exención.
Hola Omar
Existe alguna diferencia en la aplicación de exenciones de iva en el sector salud, entre un hospital publico y una clínica privada.
Cristián:
Hay una diferencia fundamental, dado que los hospitales tienen una exención personal establecida en el N° 5 del art. 13 de la Ley del IVA, que establece:
«Artículo 13°- Estarán liberadas del impuesto de este Título las siguientes empresas e instituciones:
1) …
5) Los hospitales, dependientes del Estado o de las universidades reconocidas por éste, por los ingresos que perciban dentro de su giro;»
Puede ver más información en el oficio N° 1.979, de 10.09.2013, que en la parte pertinente indica:
«En virtud de las normas legales citadas precedentemente y de lo señalado por este Servicio en pronunciamientos anteriores , los hospitales del sector público dependientes de los Servicios de Salud se encuentran obligados a llevar el Libro de Compras y Ventas a que se refiere el artículo 59° del Decreto Ley N° 825, de 1974, aun cuando sus operaciones se encuentren exentas de IVA, en virtud del Art. 13°, N° 5.»
Gracias por el articulo. Sobre el mismo le cosulto.
Los honorarios que se cobran por atención sicologica realizado por personas naturales, según el art. 19, estarían afectos a IVA en caso de cobrarse de manera particular?
Ricardo:
Si las prestaciones son realizadas por profesionales (personas naturales o sociedades de profesionales), que emiten la respectiva boleta de honorarios, su prestación está exenta de IVA, pero por la norma del art. 12 E N° 8 de la Ley del IVA, con lo cual no estarán en el caso del N° 19. Todo el valor es un monto exento de IVA, sin importar la forma de pago de las prestaciones, que están exentas (el N° 19 se refiere a prestaciones gravadas con IVA, que quedan exentas cuando son financiadas por las entidades previsionales de salud, a través del mecanismo de emisión de bonos de atención; no hay otra opción).
Buenas tardes. Mi nuera es matrona y realizará procedimientos estéticos ambulatorios menores con botox y ácido hialuronico ¿Esa actividad esta afecta a IVA? ¿Puede constituir como una SpA para desarrollar esa actividad?.
Desde ya muchas gracias.
Máximo:
Si realiza prestaciones a nivel personal, ello está exento de IVA según lo indicado en el N° 8 de la letra E del art. 12 de la Ley del IVA. Pero si eso mismo lo realiza en una empresa (como una SpA), la prestación es gravada con IVA, no teniendo exención que aplicar, ya que no es un procedimiento ambulatorio de salud.